La Federación nace en el año 2000 del impulso de tres entidades: la Asociación Empresarial para la Discapacidad (AEDIS Abre en ventana nueva, hasta 2013 AFEM), la Asociación Empresarial de Centros Especiales de Empleo de Cocemfe (AECEMCO) y la Asociación Empresarial de Centros Especiales de Empleo de Fundación ONCE (AECEMFO).

Durante estos primeros años la actividad principal de FEACEM se centró en la negociación del convenio colectivo de centros de asistencia, atención, diagnóstico, rehabilitación y promoción de personas con discapacidad en representación de las asociaciones de Centros Especiales de Empleo.

En el año 2005, las entidades fundadoras deciden darle un nuevo impulso; se abre oficina y se contrata personal propio. Asimismo se aprueban unos nuevos estatutos, en los que se prevé, entre otras novedades, la posibilidad de integrar a asociaciones autonómicas de CEE.

Desde entonces ha experimentado una profunda ampliación que la ha llevado a crecer a nivel nacional y autonómico, permitiendo operar como interlocutor en el ámbito autonómico, espacio clave para el desarrollo y afianzamiento de los CEE.

En el año 2006 entran dos nuevos socios nacionales, la Asociación Empresarial de Centros Especiales de Empleo de iniciativa social de Personas con Enfermedad Mental (ADECEM) y Asociación Feafes Integración Laboral(FEAFES EMPLEO).

En 2008 inicia su implantación autonómica a través de cuatro nuevos socios: Patronal Aragonesa de la Discapacidad (PADIS) Abre en ventana nueva, la Asociación de Centros Especiales de Empleo de Andalucía (ACECA)Abre en ventana nueva y la Asociación de Entidades de Trabajo Protegido de Euskadi (EHLABE) Abre en ventana nueva. En 2011 se unen la Associació Forum per la Qualitat de las Islas Baleares (foQua) y la Asociación Regional de Centros Especiales de Empleo de Economía Social de Canarias (ARCEESCAN) Abre en ventana nueva.

En 2014 se incorporaron Asociación Empresarial Gallega de CEE sin ánimo de lucro (CEGASAL), Asociación Empresarial de CEE de iniciativa social de Castilla y León (FEACEM Castilla y León), Asociación Empresarial de CEE de inciativa social de Castilla La Mancha (FEACEM Castilla La Mancha) y Federación Catalana de Centros Especiales de Trabajo de economía social (FEACEM Catalunya). Finalmente en 2016 se incorpora FEACEM Región de Murcia.